在亲子关系争执事件中，如果假设父有两人时，且此两人具有同源兄弟之关系，则有可能出现以实验室现行的鉴定系统仍无法有效排除其中一人的情形发生，此时如果以PCR法之鉴定系统时，由于生母存在，可以确定子女真实之父之确定基因半型为何，例如，子女为（1,2），生母为（1,3）,则生父必然提供子女对偶基因也就是说，生父的基因型中必然包括有一个对偶基因才行，如果假设父不含有此对偶基因的话，即可被排除为真实之父的可能。由于两个假设父具有同源之兄弟关系，就某一基因之基因型而言，具有一个相同的对偶基因之几率为1/2,如具有两个相同的对偶基因之基率则为1/4,故如果使用十六种鉴定系统，则出现无法排除的情况，几率值将介于（1/4）"与（1/2）之间，也就是说，产生此种情形最大的可能几率为1/65536,换言之，该两兄弟之父母，理论上于生产了65536个子女中，才可能出现两个子女有此情况，因此，出现之机。会非常地渺小。

再者，如使用整个实验室之PCR鉴定系统仍无法排除时，该两名假设父与随机人口中之男性提供给子女基因半型的几率相较值亦不一定相同（即两者之亲子关系系数PI值亦未必相同），此时是否得单纯以PI值之高低区辨真伪，恐有再斟酌余地。因为，亲子关系系数值乃假设父与人口中随机男性是子女生父机会之比例值，如果两个PI值间具有同源之兄弟关系时，则此两个PI值之差异在统计上似将失去比较之意义，而可能出现PI值高者非真实之父，PI值低者反而为真实之父之情况。

此外，在使用所谓的RFLP鉴定法时，尤其是号称"DNA指纹"法的Multi-locusRFLP.这种鉴定方法与PCR法最大之差别在于PCR法可以准确地鉴定出对偶基因的型别，因此，在推算子女亲子关系系数时非常明确。但是，RFLP因为是用酵素切位，形成的图谱是大小不同的DNA片段，只要图谱_上该两名假设父与子女之染色带相符的数目不一致且又无法排除时，即会出现两个亲子关系确定几率，此时确定几率之大小是否可用来作为直接的比较，亦即，以几率大者为真实之父，而几率小者被排除，则未有定论

。惟对此几率值之评价上，有两种立法例可供参考：其一，德国法系以要求两者父性确定几率之差异必须达一定程度，例如，甲为98%,乙为80%以下，则此几率差异足够，可认定甲为真实之父；其二，瑞士法，并不要求如此之差异程度，单纯地以相对盖然性大者为真实之父，例如，甲98%,乙95%,则甲亦被肯认为真实之父。惟此种以亲子关系确定率高低为断之方式，于现行PCR-DNA鉴定系统中并不适宜，原因即在于，现行系统之排除率相当高，如果两者均不能排除的情况发生时，必然两者之亲子关系确定率都相当地高，例如一为99.99%,另一为99.9999%,此时亲子关系确定率无论如何均不可能有前述德国法所要求之大幅度之差距；而如瑞士法，此时之微幅差异在统计，上亦无多大意义矣。再者，此类立法例大概都是十余年前之鉴定系统背景下所为之因应，以今日DNA之鉴定效能观之，已不合时宜。